Maniowy są jedną z najstarszych wsi na Podhalu. Najprawdopodobniej osadził je Hinko, zwany Czarnym na mocy przywileju klarysek z 1326 roku (przywilej ten wymienia potok Cichorzyn). Pewne jest też to, że działali tu Cystersi z Ludźmierza, którzy następnie przenieśli się do Szczyrzyca. Ale chociaż historia wsi oficjalnie rozpoczyna się około 1326 roku to pierwszy kościół istniał tu już około 1216 roku - można więc przypuszczać, że osada istniała tu już co najmniej 100 lat wcześniej. Zawieruchy wojenne w tym czasie omijały Podhale, a więc także Maniowy. Życie płynęło więc na pracach wokół gospodarstwa i na wydzieraniu puszczy kolejnych skrawków ziemi pod zabudowę i pola uprawne. W latach 1500-1550 wioska liczyła 27 zagród, folwark i domek plebana.W osadzie istniały też: młyn wodny, olejarnia, kołodziej, limierz - wyrabiający uprzęże dla bydła, stelmach - trudnił się wyrabianiem uprzęży dla koni oraz dwie akuszerki. Jak wyglądał pierwszy kościół nie wiadomo. Pewne jest, że jego patronem był św. Mikołaj - patron dzisiejszej parafii. Osada ta przestała istnieć w ciągu zaledwie trzech dni czerwcowych w roku 1554. Powódź zabrała wszystko od 48 zagród kmiecich przez pola uprawne wyrwane z takim mozołem puszczy po kościół. Dunajec zmienił koryto i podzielił dotychczasową osadę na pół, mieszkańcy przenieśli się więc wyżej, na tereny bezpieczniejsze. Król Zygmunt I Stary uwolnił po tej katastrofie osadników od powinności na rzecz starosty na lat osiem. Nowe miejsce to teren na wzniesienu, nazwany póżniej "Pod Kościołem". Zaczęły się czasy rządów chciwych i okrutnych starostów. Ludzie często się buntowali, ale co mógł wtedy szary kmieć? Po buncie mającym na celu usunięcie z Czorsztyna starosty Baranowskiego kilku chłopów z Maniów uciekło w Gorce i przystało do zbójników. Mimo to wieś miała pewne przywileje. Jako jedna z czterech osad w starostwie czorsztyńskim(obok Grywałdu, Tylmanowej i Szczawnicy) miała przywilej wybraniectwa - otóż wybraniec był żołnierzem, którego powoływano do służby w czasach szczególnego zagrożenia. Pierwszym wybrańcem Maniowskim był Piotr Szczerba (1610) a po nim jego syn Łukasz.

W wiek XVII wioska wchodziła z 85 zagrodami. Usytuowana na skarpie nad dunajcem nie była już tak zagrożona powodzią. W 1615 roku wybuchł jednak pożar. Spaliła się prawie cała wieś, o ogień nie było trudno, wszak był on jedynym źródłem światła i ogrzewania w zagrodach. PO tej tragedii Król Zygmunt II Waza, w odpowiedzi na prośbę wójta, dekretem z dnia 30 marca 1615 roku uwalnia mieszkańców od wszelkich powinności na 4 lata. Po tej katastrofie ludzie zrezygnowali z ciasnych zagród i wieś się rozrosła: na wschodzie powstał przysiółek "Na Dolinie", na zachód budowano się wzdłuż drogi na Nowy Targ.